ケチャップを上にして保存する理由はケチャップに含まれる水分（トマトの水分が分離したもの）が底に溜まりやすい性質があり、フタを下にして保存すると、その水分がキャップの方に溜まってしまい、使うとき、最初に水っぽいケチャップが出てしまうからです。蓋を上に保存することで水っぽいケチャップが出にくくなります。
ちなみにマヨネーズは水分が分離しにくいため、蓋を下向きにして保存しても大丈夫なようです。